Tarih Forum, Tarih, Forum Tarih, Forum, Tarih Portalı
Kapat
   

Geri git   Tarih Forum, Tarih, Forum Tarih, Forum, Tarih Portalı > Diğer Bilim Dalları > Biyoloji > Biyoloji Makaleleri

Biyoloji Makaleleri Biyoloji Bilimiyle İlgili Yazılan Akademik Makaleler

Yeni Konu aç Cevapla
 
Seçenekler Stil
Alt 19 Mart 2013, 09:37   #1
Özel Üye
Rita - ait Kullanıcı Resmi (Avatar)
 
Üyelik tarihi: 13 Nisan 2010
Konular: 1877
Mesajlar: 2.019
Aldığı Beğeni: 13
Beğendikleri: 0
Rita isimli Üye şimdilik offline konumundadır
Standart Genom Mimarisinde Tekrarlayan DNA

Genom, canlının geçmiş ve geleceğinin kayıt defteridir. Genomda üç farklı zaman ölçeğine ait üç farklı hiyerarşik seviyenin bilgisi dinamik olarak depolanır:

Birincisi, organizmanın var oluşunu tarif eden karakteristik bilgi kalıplarının nesiller boyunca aktarımında vazife alan, dolayısıyla uzun vadeli bilginin oldukça stabil DNA dizisinde saklanması.

İkincisi, hücre seviyesinde birkaç nesil aktarılan orta vadeli epigenetik özellikteki bilgilerin depolanması. Epigenetik bilgi DNA'nın nükleotid dizilerinde değil, bu dizilerin kimyevî modifikasyonunda (GC dinükleotid dizi tekrarlarının metilasyon gibi) depolanır.

Üçüncüsü, hücrenin hayat çevrimi içinde yaşadığı hâdiselere, değişimlere hızlı uyum sağlamak için DNA'nın proteinler ve RNA molekülleri ile dinamik etkileşimleri neticesi oluşan bilginin, nükleoprotein veya DNA-protein kompleksleri şeklinde depolanmasıdır.

DNA'nın üç farklı zaman ölçeğinde ve üç farklı hiyerarşik seviyede veri-bilgi depolama kapasitesi, genomun hücre faaliyetlerinde ve kalıtımda pek çok rol oynadığını gösterir. Genomun veri ve bilgi depolayabilmesi için biçimlendirilmesi, çeşitli özelliklerdeki DNA dizileriyle yapılır. Genomik sistem, tekrarlayan DNA dizileriyle yapılandırılmıştır. Çok sayıda ve değişik sıklıklarda tekrarlayan DNA dizileri (satelit) birer işaret fonksiyonu görür. Genomda bilgisayar sistemine benzer şekilde genomik klasörler vardır. Genomun epigenetik indeksi olarak tanımlanan bu genomik klasörler, kromatinin yeniden modellenmesinde, genom faaliyetlerinin koordineli şekilde kontrol edilmesinde vazife görürler. Tekrarlayan DNA dizileri, genomun replikasyonunu (DNA'nın kopyasının çıkarılması), yavru hücrelere birer kopyasının dağıtılmasını ve kromatinlerin örgütlenmesini mümkün kılan destekleyici sistemlerin inşasında kritik rol oynarlar.

Genomun çalışmasını, elektronik bilgi sisteminde kullanılan harddisk veya hafıza çubukları örneğiyle daha kolay anlayabiliriz. Temelde bir veri-bilgi saklama ortamı olan genomun harddiskten farkı, yaratılışı gereği kopyalanabilmesi ve bu kopyaların yavru hücrelere aktarılabilmesidir. Genomun ancak hücredeki çeşitli bilgi-işlem modülleriyle etkileştiğinde fonksiyon kazandığına şunlar örnek verilebilir: a) Hücredeki DNA replikasyon sistemi vasıtasıyla genomun bir kopyası üretilir; b) Kromozomları ayrıştırma sistemi (sentrozom ve mikrotubul) çalışıyorsa, her genomun yavru hücrelere doğru şekilde aktarılması mümkün olur; c) Temel transkripsiyon sistemi, DNA'daki bilginin RNA'ya kopyalanmasına vesile olur. Transkripsiyon faktörleri ve sinyal iletim ağlarıyla, transkripsiyonun seviyesi ve zamanı kontrol edilerek farklı gen okunma desenleri oluşturulur.

Genomdaki protein kodlayan diziler, farklı yerlere serpiştirilmiş sinyaller ve tekrarlayan DNA dizileri birbirlerine bağlanarak son derece girift düzene sahip genom sistem mimarileri çizilir. Genomun formatlanması, bilgisayar programlarının formatlanmasına benzer. Nasıl bilgisayar dillerinde tekrarlayan çeşitli dizi komutları, ihtiva ettikleri orijinal bilgiden bağımsız olarak dosyaları adreslemek için kullanılıyor ve farklı bilgisayar sistemleri verileri almada ve programları yönetmede farklı sinyalleri ve mimarileri kullanıyorsa, benzer şekilde çeşitli canlı türleri, çoğu zaman tekrarlayan DNA dizilerini ve kromozomal yapıları kodlu bilgiyi organize etmede ve genomlarını formatlamada kullanırlar.

Tekrarlayan DNA dizilerindeki sıklık ve çeşitlilik, farklı genomik sistem mimarilerinin inşasında kullanılan yapıtaşlarıdır. Farklı organizmaların genomları, farklı işletim sistemine ve donanımına sahip bilgisayarlara benzer şekilde karakteristik sistem mimarilerine sahiptirler. Meselâ hayvan hücreleri, dış ortamdan DNA parçalarını alıp kendi genomlarına entegre etme konusunda iyi bir model olarak yaratılmıştır. Canlıların kendi içlerindeki genetik bilgi aktarılması dikey gen transferi; diğer türler, cinsler ve sınıflar arasındaki gen aktarılması ise, yatay gen transferi olarak bilinir. Mobil DNA dizilerinden olan transpozonlar, çok güçlü yatay gen transferi ajanlarıdır.


Hücre farklılaşması ve morfogenez (hücreden doku ve organ teşekkülü) programları DNA dizisinin birincil yapısında her şeyiyle kodlu değildir. Genomda modüler program bileşenleri esnek şekilde kodlanmış olup, bunların sürekli yeni rekombinasyonel düzenlemeleri ihtiyaca göre gerçekleştirilir. Tek bir genom kullanılarak çok farklı organizmaların yaratılmasında sebep olarak böyle bir genom mimarisi kullanılmıştır. Buna, omurgasızlarda tırtıl ve kelebek gibi farklı organizmaların oluşumu olan metamorfoz hâdisesi güzel bir örnektir.

Genom sistem mimarisi perspektifinden genomdaki protein ve RNA şifreleri aynı olan iki organizma farklı iki tür olabilir. Çünkü farklı genom sistem mimarileri ve farklı türde tekrarlayan diziler, üreme hücrelerinin uyuşmazlığına, genetik kod dizilerinin farklı şekilde okunma motiflerine ve ekolojik çeşitliliğe yol açabildiğinden, türlerin ayırt edilmesinde önemli bir kriterdir. Bundan dolayı, tekrarlayan DNA dizileri, biyolojik akrabalıkları çalışmada oldukça önemlidir. Günümüzde adlî tıpta fertler arası akrabalığı belirlemede tekrarlayan DNA dizilerinden oluşan mikrosatelit DNA kullanılır. Bitki türleri, kromozomlarının sentromerlerindeki tekrarlayan diziler bakımından farklılaştıklarından, buradaki farklılıklar, türleri ayırt etmede kullanılır. Genom sistem mimarisinin ana belirleyicileri; tekrarlayan DNA dizilerinin çeşitliliği, sıklığı ve genomdaki yerleşim düzenidir. Örnek verilecek olursa, sentromerlerde ardışık olarak tekrar eden diziler, telomer tekrarları ve transkripsiyon, kromatin paketlenmesi, çekirdek yerleşimi gibi hücre faaliyetlerinde rol alan genoma dağıtılmış tekrarlayan diziler, sistem mimarisinin temel unsurlarıdır. Genom tek bir entegre sistem olup, tekrarlayan dizileri kullanan haberleşme ağları tarafından hem yakından, hem de uzaktan kontrol edilir.

Bediüzzaman Hazretleri, genomun ne olduğu hakkındaki düşüncelerini, çekirdek ve tohum terimlerini kullanarak, 30. Söz'ün İkinci Maksad'ı olan Zerre Risalesi'nin haşiyesinde veciz şekilde belirtmiştir: "İmam-ı Mübin, geçmiş ve geleceğin ve bilinmeyen âlemlerin etrafında dal, budak salan yaratılış ağacının bir programı, bir fihristesi hükmündedir. İlâhî kaderin bir defteri ve düsturlar mecmuasıdır. O düsturların imlası ve hükmü ile atom ve moleküller (zerreler) eşyanın vücudlarındaki hizmetlerine ve hareketlerine sevk edilir. Her şeyin hususi vücudları ve mahsus suretleri ona göre biçilir, dikilir ve giydirilir. Kaderin hükmüyle ve düsturu ile İlâhî kudret, eşyanın icadında her biri birer âyet olan varlıklar zincirini, 'Levh-i Mahv ve İsbat' denilen zamanın misâlî sahifesinde yazıyor, icad ediyor ve atomları hareket ettiriyor. Zamanın hakikati ve misali bir sahifesi olan Levh-i Mahv ve İsbat kudret kitabının, ilm-i İlâhînin bir defteri olan levh-i mahfuza göre bir tecelli yeri olduğu hâlde felsefe tarafından tabiat olarak isimlendirilmiştir."






istinaden, denebilir ki, bir çekirdek, bütün ağacın teşkilâtını tanzim edecek olan programlar, fihristeler ve o fihriste ve programları tayin eden o tekvini emirlerin küçücük bir mücessemi (cisimleşmiş, maddî elbise giymiş hâli) hükmündedir. Bir nevi ilim ve emr-i İlâhînin unvanı olan İmam-ı Mübin defteri, şimdiki zamandan ziyade geçmiş ve geleceğe baktığından çekirdek veya tohumun içindeki genom da, canlının geçmiş ve geleceğinin yazıldığı bir kütüphane ve arşiv hükmündedir.


C. Hamza Aydın

__________________
Liêbe KømmT.. Liêbe GêhT ..
Rita isimli Üye şimdilik offline konumundadır   Alıntı ile Cevapla
Cevapla

Etiketler
dna, genom, mimarisinde, tekrarlayan

Seçenekler
Stil

Yetkileriniz
Konu Acma Yetkiniz Yok
Cevap Yazma Yetkiniz Yok
Eklenti Yükleme Yetkiniz Yok
Mesajınızı Değiştirme Yetkiniz Yok

BB code is Açık
Smileler Açık
[IMG] Kodları Açık
HTML-Kodu Kapalı
Trackbacks are Kapalı
Pingbacks are Kapalı
Refbacks are Kapalı



WEZ Format +2. Şuan Saat: 11:19.


Powered by vBulletin® Version 3.8.10
Copyright ©2000 - 2021, vBulletin Solutions, Inc.
Search Engine Friendly URLs by vBSEO 3.6.0

İçerik sağlayıcı paylaşım sitelerinden biri olan Tarih.gen.tr Tarih Forum sitemizde 5651 Sayılı Kanun’un 8. Maddesine ve T.C.K’nın 125. Maddesine göre TÜM ÜYELERİMİZ yaptıkları paylaşımlardan sorumludur. Tarih.gen.tr sitesindeki konular yada mesajlar hakkında yapılacak tüm hukuksal Şikayetler için iletişime geçilmesi halinde ilgili kanunlar ve yönetmelikler çerçevesinde en geç 1 (Bir) Hafta içerisinde Tarih.gen.tr yönetimi olarak tarafımızdan gereken işlemler yapılacak ve gerekli işlemler neticesinde size dönüş yapılacaktır.