Tarih Forum, Tarih, Forum Tarih, Forum, Tarih Portalı
Kapat
   

Geri git   Tarih Forum, Tarih, Forum Tarih, Forum, Tarih Portalı > Diğer Bilim Dalları > Biyoloji > Biyoloji Makaleleri

Biyoloji Makaleleri Biyoloji Bilimiyle İlgili Yazılan Akademik Makaleler

Yeni Konu aç Cevapla
 
Seçenekler Stil
Alt 19 Mart 2013, 10:39   #1
Özel Üye
Rita - ait Kullanıcı Resmi (Avatar)
 
Üyelik tarihi: 13 Nisan 2010
Konular: 1877
Mesajlar: 2.019
Aldığı Beğeni: 9
Beğendikleri: 0
Rita isimli Üye şimdilik offline konumundadır
Standart DNA'daki farklı bilgileri kodlayan diziler

Genomda farklı DNA dizilerine karşılık gelen farklı bilgi türleri mevcuttur. Protein kodlamadıkları için yıllardan beri çöp (junk) DNA olarak kabul edilen bu DNA dizilerinin aslında genom mimarisinde hayretengiz fonksiyonlarla vazifelendirildikleri tespit edilmiştir. Meselâ; 1) Genlerin koordineli veya ardışık olarak okunmasını sağlayan grup belirleyici diziler; 2) DNA'nın RNA'ya transkripsiyonunun başlatılmasında ve sonlandırılmasında belirteç görevi üstlenen diziler; 3) Primer ham RNA dizilerinin daha küçük fonksiyonel RNA'lara dönüştürülmesinde vazifeli sinyal dizileri; 4) Genlerin ne sıklıkta okunacağını belirlemede vazifeli transkripsiyon kontrol dizileri; 5) Kromatin yoğunlaşması ve kromatinlerin yeniden modellenmesi için başlangıç bölgelerini işaretleyici ve belirleyici diziler; 6) Çekirdek veya çekirdekçikte genomun mekan yerleşimini etkileyen bağlanma bölgeleri oluşturucu diziler; 7) DNA'nın metil gibi fonksiyonel gruplarla kovalent modifikasyonunun (metilasyon) gerçekleştirileceği bölgeleri adresleyen diziler; 8) DNA replikasyonunu başlatıcı bölgelerin tarif ve kontrolünde vazifeli diziler; 9) Telomer uçlarında replikasyonun tamamlanmasına izin veren yapıları oluşturan diziler; 10) Kopyalanmış DNA moleküllerinin yavru hücrelere eşit sayıda dağıtılmasını mümkün kılan ayrıştırma noktalarındaki diziler ve sentromer dizileri; 11) DNA'daki hataları düzeltme ve zararı tamir için gerekli yol gösterici diziler; 12) Genomun yeniden paketlenmesinde kullanılan başlangıç noktası dizileri.

Tekrarlayan diziler pek çok canlının genomunda bulunur ve yapı bakımından çok çeşitlidir. Tekrarlayan elementler, heterokromatin bölgeler için başlatıcı veya sınırlandırıcı fonksiyon görürler. Ayrıca DNA yapısının katlanması için önemli bir iskele ve tutunma noktaları oluştururlar. Adeta genomun çok küçük bir alana sığdırılması için hususi şekilde paketlenmesinde mimari kalıp görevi üstlenirler. Genomda tekrarlayan dizilerin oranı (% 60–90), protein ve RNA kodlayan dizilerin oranından (% 10–40) çok fazladır. Örnek verecek olursak, insan genomunda kromozomlar heterokromatin ve eukromatin şeklinde DNA-protein paketlenmelerinden oluşur. Heterokromatin bölgeler genelde transkript edilmeyen, eukromatin bölgeler ise transkript edilen DNA bölgelerinden oluşur. İnsan DNA'sında protein kodlayan dizilerin toplam DNA'ya oranı yaklaşık % 1,2'dir. Eukromatin bölgelerinin % 43'lük kısmı, tekrarlayan DNA ve mobil DNA unsurlarından meydana gelmiştir. Heterokromatin bölgenin % 18'lik kısmı da satelit DNA (tekrarlayan DNA dizi yoğunluğu) ve mobil DNA unsurlarından oluşur. Dolayısıyla genomun yaklaşık % 50'si tekrarlayan DNA dizilerinden meydana getirilmiştir. Bakterilerde ise tekrarlayan diziler, genomun % 5–10 kadarını oluşturur. Şimdiye kadar bilim insanları ve günümüzde hâlâ pek çok araştırmacı tarafından bu tekrarlayan diziler, çöp-işe yaramaz, bencil, parazitik DNA yapıları olarak tarif edilmişti. Günümüzde de mobil DNA unsurları ve tekrarlayan diziler, genom parazitleri olarak kabul edilmesine rağmen, son 10 yıldır yapılan araştırmalar, bunun doğru olmadığını, bilakis tekrarlayan dizilerin, genom fonksiyonları için hayatî derecede önemli olduğunu ortaya koymaktadır.

Tekrarlayan DNA dizileri, kromatin (DNA ile protein paketlenmesinin yoğunlaşmış hâli) yapısını iki şekilde etkiler. Dağıtık tekrarlayan DNA dizi kopyaları, kromatinleri organize eden proteinler için bağlanma bölgeleri ihtiva ederler. Heterokromatin (daha yoğun paketlenmiş olduğu için koyu renk gözüken kromatin) transkripsiyonu ve rekombinasyonu engeller, replikasyonu geciktirir ve genellikle kod ihtiva eden DNA dizisindeki bilginin okunmasını bloke eder. Heterokromatin bölgeleri, kromozom boyunca dağılmıştır. Bu yüzden ikili ardışık tekrarlayan diziler ihtiva eden bölgelerin varlığı, heterokromatin bölgenin oluşmasını tetikler. Meyve sineklerindeki kromozom düzenlemeleriyle, göz pigmentasyonu için gerekli proteinleri kodlayan lokusların, sentromerlerdeki heterokromatin bloklarının yanına yerleştirilmesi (pozisyon tesiri fenomeni) sağlanır ve böylece fenotipik karakterlerin oluşumu engellenebilir. Pozisyon tesiri fenomeni, genomun kısmen tekrarlayan DNA dizilerinin muhteviyatıyla entegre edilmiş büyük bir sistem olduğuna güzel bir delildir. Meyve sineğinin XYY erkeklerinde heterokromatin miktarı arttığında, yeniden düzenlenmiş göz pigmentasyonunun okunması da azalır. XO erkeklerde heterokromatin azaldığında, engellenme daha da ciddileşir. Heterokromatine has belli DNA bölgelerine bağlanan protein seviyelerindeki değişme zıt tesirler yapar. Bu proteinlerin azalması, posizyon tesirini azaltır veya baskılar. Bu proteinlerin fazla sentezi de posizyon tesirini zenginleştirir.

Tekrarlayan DNA dizileri, genomun yavru hücrelere aktarılmasında da önemli rol oynar. Meselâ kormozomların mikrotübüllere tutunma bölgeleri olan sentromerlerin oluşumunda, lineer kormozomların uçlarının replikasyonunda gamet oluşumu sırasında ve kromozomların eşleşmesinde rol alırlar. Tekrarlayıcı dizilerin dağılışı, bir genomun fonksiyonlarını nasıl yapacağını belirlemede anahtar rol oynar. Her genom, büyük ölçüde tekrarlayan DNA dizisi miktarına bağlı olarak şekillenen karakteristik genom sistem mimarisine sahiptir.

Kâinat ve Kur'ân, Kudret-i Sonsuz'un iki kitabı olduğundan, her iki kitabın mimarî sisteminde ciddi seviyede paralellikler vardır. Nasıl Kur'ân-ı Kerîm'de belirli kelimeler ve ifadeler çok sık tekrar edilmişse, genomda da belli diziler ehemmiyetine ve ihtiyaca binaen çok sık tekrar edilmiştir. Nasıl Kur'ân-ı Kerîm'de her bir âyetin çok mânâları, çok faydaları, çok yönleri ve tabakaları vardır; nasıl bunlar her bir makamda ayrı bir mânâ, fayda ve maksatlar için tekrarlanmaktadır, benzer şekilde genomdaki tekrarlayan diziler de farklı yerlerde farklı fonksiyonlar üstlenmektedir. Bu açıdan hücrelerin bir bakıma İmam-ı Mübin defteri olan genomlarının düzeni, Kur'ân-ı Kerîm'de âyetlerin yerleşim düzenine çok benzer. Yine Kur'ân nasıl çok yönlü ve mânâlı fonksiyonlu câmi bir kitap ise, genom da sadece protein ve RNA şifrelerini içeren bir kitap olmayıp, hücrenin hayatiyeti için çok fonksiyonları olan kompleks bir sistem mimarisine sahiptir. Çok ihtiyaç duyulan diziler, çok sık tekrar edilmiştir. Bediüzzaman'ın (ra) ifadesiyle, cismânî ihtiyaç gibi, mânevî ihtiyaç da muhteliftir. Bazısına insan her nefes muhtaç olur: cisme hava, ruha Hû gibi. Bazısına her saat: Bismillâh gibi ve hâkezâ... Demek, tekrar-ı âyet, ihtiyaçların tekrarından ileri geldiği gibi genomdaki tekrarlayan diziler de ihtiyaçtan kaynaklanmaktadır. Zannedildiği gibi çöp, parazit (junk) DNA değildir.

Kaynaklar
- Shapiro J. A.(2001). Genome Formatting for Computation and Function :Genome Organization and Reorganization in Evolution: Formatting for Computation and Function . Presented at a symposium on "Contextualizing the Genome," Ghent University, Belgium, November 25 - 28, 2001 (Ann. N.Y. Acad. Sci., in press) EMAIL: jsha@midway.uchicago.edu
- Shapiro, J.A. (2005). A 21st century view of evolution: genome system architecture, repetitive DNA, and natural genetic engineering. Gene 345 (2005) pp: 91–100
- Shapiro J. A. and Sternberg R V (2005) Why repetitive DNA is essential to genome function. Biol. Rev. (2005), 80, pp. 1–24. Cambridge Philosophical Society.




C. Hamza Aydın

__________________
Liêbe KømmT.. Liêbe GêhT ..
Rita isimli Üye şimdilik offline konumundadır   Alıntı ile Cevapla
Cevapla

Etiketler
bilgileri, diziler, dnadaki, farkli, farklı, kodlayan

Seçenekler
Stil

Yetkileriniz
Konu Acma Yetkiniz Yok
Cevap Yazma Yetkiniz Yok
Eklenti Yükleme Yetkiniz Yok
Mesajınızı Değiştirme Yetkiniz Yok

BB code is Açık
Smileler Açık
[IMG] Kodları Açık
HTML-Kodu Kapalı
Trackbacks are Kapalı
Pingbacks are Kapalı
Refbacks are Kapalı



WEZ Format +2. Şuan Saat: 04:55.


Powered by vBulletin® Version 3.8.10
Copyright ©2000 - 2020, vBulletin Solutions, Inc.
Search Engine Friendly URLs by vBSEO 3.6.0

İçerik sağlayıcı paylaşım sitelerinden biri olan Tarih.gen.tr Tarih Forum sitemizde 5651 Sayılı Kanun’un 8. Maddesine ve T.C.K’nın 125. Maddesine göre TÜM ÜYELERİMİZ yaptıkları paylaşımlardan sorumludur. Tarih.gen.tr sitesindeki konular yada mesajlar hakkında yapılacak tüm hukuksal Şikayetler için iletişime geçilmesi halinde ilgili kanunlar ve yönetmelikler çerçevesinde en geç 1 (Bir) Hafta içerisinde Tarih.gen.tr yönetimi olarak tarafımızdan gereken işlemler yapılacak ve gerekli işlemler neticesinde size dönüş yapılacaktır.